Frederikshavn Kommune er inddelt i 11 centre og 4 stabsfunktioner under kommunaldirektøren:
- Center for Dagtilbud
- Center for Ejendomme, Park og Vej
- Center for Familie
- Center for Handicap og Psykiatri
- Center for IT og Digitalisering
- Center for Kultur og Borgerservice
- Center for Skole, Klub og Ungdomsskole
- Center for Social- og Sundhedsområdet
- Center for Sundhed og Pleje
- Center for Teknik og Miljø
- Jobcenter Frederikhavn
Stabsfunktioner under kommunaldirektøren:
- Budget og Analyse
- Direktionssekretariatet
- HR og Personale
- Økonomi